1. TAG ou NOTAG ?

La version TAG d'un fichier va contenir des balises de placement type "{\pos(192,240)}You know...". Ces balises servent à éviter que le sous-titre se retrouve superposé avec les crédits ce qui le rend difficilement lisible.
Néanmoins, certains lecteurs ne savent pas interpréter ces balises et les affichent donc comme du texte. Dans ce cas, utilisez la version "NOTAG" du fichier.

2. Quel fichier de sous-titre correspond à ma vidéo ?
Pour le savoir, il faut comprendre comment sont nommés les fichiers.
Ainsi, si votre fichier vidéo est nommé "ma.video.s02e05.hdtv.xvid-xor.avi" chaque partie du nom a une signification :

ma.video. = nom de la série
s02e05 = saison 02 épisode 05
hdtv = source de la vidéo (3 sources possibles en général : hdtv, pdtv, dvdrip).
xvid = codec vidéo utilisé pour l'encodage
-xor = nom du groupe qui a enregistré la vidéo
.avi = extension de la vidéo désignant généralement le conteneur (avi, mkv, mov, etc)

Sur sub-way, le sous-titre correspondant sera nommé : ma.video.205.xor.VF.tag.srt (version tag) ou ma.video.205.xor.VF.notag.srt (version sans tag)

Parfois, la vidéo porte une indication supplémentaire dans son nom : "ma.video.s02e05.720p.hdtv.mkv-ctu.avi".

720p = résolution de l'image, ici haute définition 720p correspondant au HDREADY (1080p/i = FULLHD).

Sur sub-way, le fichier sous-titre correspondant sera nommé : ma.video.205.720p.ctu.VF.tag.srt (version tag) ou ma.video.720p.ctu.VF.notag.srt (version sans tag)

Pour lire le sous-titre avec la vidéo, vous pouvez soit ouvrir la vidéo et glisser le sous-titre dessus, soit donner au sous-titre le même nom que la vidéo (excepté l'extension) et lancer uniquement la vidéo.

Si tout ça reste obscur, je vous renvoie aux explications d'Alconis :

http://www.alconis.com/dotclear/index.php?2006/02/15/83-lire-des-fichiers-sous-titres-srt
http://www.alconis.com/dotclear/index.php?2006/08/15/149-decrypter-les-noms-de-fichiers-sous-titres-episodes